青海發(fā)光桿菌有關(guān)腸道菌群的初始定植有兩種觀點：觀點一，大家普遍認為胎兒在母體子宮內(nèi)時，腸道處于無菌狀態(tài)，分娩時胎兒經(jīng)過母體產(chǎn)道，接觸母體糞便、醫(yī)院環(huán)境，形成了人類腸道菌群的初期定植。觀點二，胎兒在子宮內(nèi)可以接受母體的菌群。2008年，西班牙的科學家Rodr？？guez等在21例健康新生兒的胎糞中檢測到細菌，推測胎兒在子宮時可以接受母體腸道菌群的定植，并在小鼠身上做了驗證。
2011年，日本的學者Makino等證實雙歧桿菌長型亞種能夠從母體轉(zhuǎn)移到新生兒腸道。2012年，日本的科學家Mikami等同樣證明新生兒腸道的雙歧桿菌來自于母體。所以，子宮內(nèi)是否有細菌仍不確定，需要嚴格的實驗設計確證。正常分娩的新生兒腸道菌群幾乎*來自于母體，刨宮產(chǎn)的新生兒腸道內(nèi)會定植一部分醫(yī)院環(huán)境中的細菌。新生兒出生2小時后，腸道菌群迅速增殖，4-6個月時達到成年人的水平。腸道菌群隨著人年齡的增長、飲食結(jié)構(gòu)的豐富，其多樣性不斷增加。1歲以后腸道菌群的種類趨于穩(wěn)定，青海發(fā)光桿菌健康人整個成年期都保持穩(wěn)定，進入老年后，雙歧桿菌的數(shù)量顯著下降，梭桿菌、擬桿菌數(shù)量增多。
微生物主要分布在機體與外界相通的腔道內(nèi)，如呼吸道、消化道、泌尿生殖道以及體表，形成了四個微生態(tài)系統(tǒng)。其中胃腸道細菌的種類繁多、數(shù)目巨大，占機體微生物總量的78%。健康成人腸道內(nèi)的微生物總量大約1-1.5kg，有1000多種，數(shù)量高達1014個，相比于正常人體自身細胞數(shù)量1013個，腸道微生物的數(shù)量是人類細胞數(shù)的10倍，而且編碼基因數(shù)目超過人體自身基因數(shù)目的100倍，是控制人類健康的“第二基因組”。
人體每天排出糞便干重的1/3由細菌組成，大多數(shù)為腸道細菌。數(shù)量如此龐大的腸道微生物與宿主經(jīng)過長期協(xié)同進化，已經(jīng)成為宿主不可分割的一部分，對維持機體健康平衡發(fā)揮著重要作用。由于人體胃腸道內(nèi)的生理狀態(tài)不同，菌群的種類、分布存在一定差異。橫向來說，上消化道內(nèi)細菌數(shù)量約為102-104CFU/mL；回腸內(nèi)細菌數(shù)量約為106-1012CFU/mL；遠端結(jié)腸內(nèi)細菌數(shù)量zui多，約為1010-1012CFU/mL。縱向來說，菌群形成三個生物層：zui深層是膜菌群，菌群緊貼粘膜表面并與粘膜上皮細胞粘連，主要為雙歧桿菌和乳酸桿菌，為腸道共生菌，對身體有益無害；中層為消化鏈球菌、糞桿菌、韋榮球菌和優(yōu)桿菌等厭氧菌；表層為腔菌群，可在腸腔內(nèi)游動，青海發(fā)光桿菌主要為大腸桿菌、腸球菌等需氧和兼性需氧菌。